Silent Truth kể về Tobina Junichi, một thám tử quay trở lại quê hương sau nhiều năm để điều tra một vụ án mạng bí ẩn; trong quá trình điều tra, anh phát hiện hung khí của vụ án chính là khẩu súng từng được anh và ba người bạn thân chôn dưới gốc cây anh đào khi còn nhỏ sau một sự cố trong quá khứ; vụ án hiện tại khiến những bí mật bị chôn giấu suốt hơn hai thập kỷ dần lộ ra, đồng thời một trong những người bạn cũ của anh – cũng là mối tình đầu – lại trở thành nghi phạm chính; khi lần theo từng manh mối, Junichi phải đối mặt với ký ức, tội lỗi và sự thật mà cả nhóm từng cố chôn vùi; thông qua cuộc điều tra căng thẳng này, Silent Truth khắc họa cách quá khứ có thể quay trở lại và thay đổi hoàn toàn cuộc đời của những người liên quan.